事業譲渡で不動産を移転する手続きは？登記の流れと費用、売り手の5つの注意点を解説

事業譲渡で不動産を移すには、所有権移転登記が必要です。所有権が移るタイミングと登記手続きの流れ、登録免許税や不動産取得税などの費用、経営力向上計画による軽減措置、抵当権や固定資産税の精算など売り手の5つの注意点を解説します。

事業譲渡の対象に工場や店舗の土地建物が入ると、手続きの負担が一気に増すことがあります。株式譲渡なら名義は変わりませんが、事業譲渡では一件ずつ登記を移す必要があるためです。登録免許税や不動産取得税も発生します。

本記事では、所有権が移るタイミングと登記手続きの流れを示し、費用の内訳と軽減措置を解説します。あわせて、抵当権や固定資産税の精算など売り手が押さえる5つの注意点と、不動産を譲渡対象に含めるかの判断軸を示します。

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事業譲渡で不動産を移すには所有権移転登記が必要になる

事業譲渡は、譲渡対象の財産を個別に指定して移転する手法です。不動産も例外ではなく、一件ずつ所有権移転登記を申請します。

中小M&Aガイドラインも、事業譲渡について、承継対象財産の特定や不動産登記手続などの対抗要件具備、許認可の取得といった作業が必要になるとしています。

※参考：中小企業庁「中小M&Aガイドライン（第3版）」第1章Ⅱ3（8）最終契約の交渉・締結 https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/shoukei/download/m_and_a_guideline.pdf

法務局は、登記の申請がされてから完了するまでに、申請の内容にもよるものの数日から数週間を要すると説明しています。登記官が申請書と添付書類を厳格に審査するためです。

不動産登記｜法務局

株式譲渡であれば名義変更は生じません。対象不動産の件数を数え、手続きの重さを見積もります。

事業譲渡の基本と、株式譲渡との違いについては、下記で詳しく解説しています。

事業譲渡とは何か？オーナー経営者が知っておくべき基本と実務ポイント

M&Aにおける株式譲渡とは？メリットや注意点、手続きの流れを解説

事業譲渡で不動産の所有権が移転するタイミング

登記の前に、所有権がいつ移るかを押さえます。契約上の効力発生と、登記による対抗力は別物です。押さえる点は以下の3つです。

• 所有権は契約で定めた効力発生日に移転する
• 登記をしなければ第三者に所有権を主張できない
• 代金の受領と登記申請は同じ日に行う

それぞれを順に解説します。

所有権は契約で定めた効力発生日に移転する

不動産の所有権が移る時点は、契約で定めます。 事業譲渡契約書に効力発生日を明記し、日をもって対象財産が買い手へ移ります。

実務では、代金の全額決済を所有権移転の条件とする定めを置くのが一般的です。決済前に所有権が移れば、売り手は代金未回収のリスクを負います。

契約書の効力発生条項と決済条件を照らし合わせ、代金受領が先行する構成になっているかを確認します。

事業譲渡契約を含む最終契約で確認したい項目は、弁護士監修のチェックリストにまとめています。無料でダウンロードできます。

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登記をしなければ第三者に所有権を主張できない

所有権が移っても、登記がなければ第三者に対抗できません。 民法第177条は、不動産に関する物権の変動について、登記をしなければ第三者に対抗できないとしています。

民法（e-Gov法令検索）

登記を放置すれば、売り手が二重に譲渡した場合に買い手が保護されません。買い手から登記の即日申請を求められるのは、リスクを避けるためです。

代金の受領と登記申請は同じ日に行う

決済と登記申請は、同じ日に組むのが実務の原則です。 売り手は代金を受け取り、買い手は登記申請に必要な書類を受け取ります。

決済当日の流れは次のとおりです。

• 司法書士が必要書類をそろえ、登記できる状態を確認する
• 買い手が代金を振り込み、売り手が着金を確認する
• 司法書士が法務局へ登記を申請する

決済日を決めたら、司法書士と金融機関の担当者に日程を共有します。

所有権移転登記の手続きの流れ

タイミングが定まれば、手続きを順に進めます。流れは以下の5段階です。

• 事業譲渡契約書に不動産の表示を記載する
• 株主総会の特別決議で事業譲渡を承認する
• 売り手は登記識別情報と印鑑証明書を用意する
• 買い手と共同で法務局に登記を申請する
• 登記完了後に登記事項証明書で名義を確認する

それぞれを順に解説します。

事業譲渡契約書に不動産の表示を記載する

契約書には、不動産を特定できる形で記載します。 登記記録どおりの表示でなければ、登記申請が受理されません。

記載する項目は次のとおりです。

• 土地：所在、地番、地目、地積
• 建物：所在、家屋番号、種類、構造、床面積

登記事項証明書を取り寄せ、記載を一字一句転記します。

株主総会の特別決議で事業譲渡を承認する

事業譲渡には、会社の意思決定手続きが必要です。 会社法第467条第1項は、事業の全部または重要な一部の譲渡について、原則として株主総会の特別決議（第309条第2項）による承認を求めています。

会社法（e-Gov法令検索）

決議を欠いたまま進めれば、譲渡の効力が争われるおそれがあります。株主構成を確認し、決議に必要な賛成を確保できるかを事前に点検します。

特別決議が必要になる手法と要件については、下記で解説しています。

M&Aで株主総会の特別決議が必要な手法は？要件や売り手側の注意点も解説

売り手は登記識別情報と印鑑証明書を用意する

売り手側では、登記に必要な書類をそろえます。 所有権移転登記は、登記義務者である売り手と登記権利者である買い手が共同で申請するのが原則です。

用意する主な書類は次のとおりです。

• 登記識別情報（または登記済証）
• 発行後3か月以内の印鑑証明書
• 代表者事項証明書などの会社の資格証明書
• 司法書士への委任状

印鑑証明書には有効期限があります。決済日から逆算して取得時期を決め、司法書士へ原本を預けます。

買い手と共同で法務局に登記を申請する

申請は、対象不動産を管轄する法務局へ行います。 実務では、売り手と買い手の双方から委任を受けた司法書士が代理で申請します。

法務局は、登記官が申請書と添付書類から申請の意思や権利変動の有無を厳格に審査すると説明しています。完了後は登記完了証が交付されます。

不動産登記｜法務局

管轄が分かれていれば、申請も分かれます。対象不動産の所在地ごとに管轄法務局を確認します。

登記完了後に登記事項証明書で名義を確認する

登記が終わったら、結果を確認します。 申請どおりに記録されているかは、登記事項証明書で確かめられます。

確認する項目は次のとおりです。

• 所有者の名義が買い手に変わっているか
• 登記原因と日付が契約の内容と一致しているか
• 抵当権の抹消が完了しているか

誤りがあれば、更正登記が必要になります。完了後すみやかに証明書を取得し、契約書と突き合わせます。

不動産の移転にかかる費用の内訳

手続きには費用が伴います。内訳は以下の5つです。

• 登録免許税は固定資産税評価額の2%で計算される
• 不動産取得税は買い手に課税される
• 建物の対価には消費税がかかり土地は非課税になる
• 事業譲渡契約書には印紙税がかかる
• 司法書士への報酬は依頼範囲で変わる

それぞれを順に解説します。

登録免許税は固定資産税評価額の2%で計算される

所有権移転登記には、登録免許税がかかります。 課税標準となるのは、固定資産税評価額です。

税率は登記の原因と対象によって定められており、土地については軽減措置が設けられている場合があります。対象不動産の固定資産税評価額を課税明細書で確認し、司法書士へ税額の試算を依頼します。

No.7191 登録免許税の税額表｜国税庁

負担者は法律上の定めではなく、契約で決めます。買い手負担とするのが一般的ですが、契約書に明記します。

不動産取得税は買い手に課税される

不動産を取得した買い手には、不動産取得税が課されます。 都道府県が課す地方税で、取得後に納税通知書が送付される仕組みです。登記の有無にかかわらず、不動産を取得した事実に対して課されます。

不動産取得税｜東京都主税局

売り手に直接の負担は生じませんが、買い手候補は取得コストとして価格交渉に織り込みます。買い手候補側の負担見込額を把握し、交渉の前提として共有します。

建物の対価には消費税がかかり土地は非課税になる

土地と建物では、消費税の扱いが分かれます。 国税庁は、非課税となる取引として土地（借地権など土地の上に存する権利を含む）の譲渡および貸付けを挙げています。

No.6201 非課税となる取引｜国税庁

建物は課税資産に当たるため、対価に消費税が上乗せされます。土地と建物の対価を区分し、契約書に内訳を記載します。

事業譲渡契約書には印紙税がかかる

契約書自体にも税がかかります。 不動産の譲渡に関する契約書は第1号文書として印紙税の課税文書に該当し、記載された契約金額によって税額が変わります。

No.7140 印紙税額の一覧表（その1）第1号文書から第4号文書まで｜国税庁

契約書を2通作成すれば、それぞれに印紙が必要です。原本の通数と負担者を契約書に定めます。

M&Aの契約書にかかる印紙税と負担を抑える方法は、下記で解説しています。

M&Aで印紙税がかかる契約書は？金額や負担を抑える方法も解説

司法書士への報酬は依頼範囲で変わる

登記手続きを司法書士へ依頼すれば、報酬が発生します。 金額は不動産の件数や依頼範囲で変わります。

依頼範囲に含まれる業務は次のとおりです。

• 登記申請書の作成と法務局への申請
• 決済への立会いと書類の確認
• 抵当権抹消登記の同時申請

複数の司法書士から見積を取り、範囲と金額を比較します。

M&Aで司法書士に依頼できる業務については、下記で解説しています。

M&Aで司法書士に依頼できる業務とは？5つの支援内容と頼めない領域を解説

経営力向上計画の認定を受けると登録免許税と不動産取得税が軽減される

事業譲渡で不動産を移す場合、税負担を抑える制度があります。中小企業庁は、事業承継等に係る不動産取得税の特例を設けています。

適用を受けるための手順は次のとおりです。

• 他の特定事業者等との間で事業譲渡の事前合意を行う
• 引き継いだ事業に関する経営力向上を行う内容の経営力向上計画を策定する
• 土地・建物が所在する都道府県へ提出し、都道府県経由で主務大臣の認定を受ける
• 認定を受けたのち、事業の譲受を行う
• 不動産の取得に係る申告の際に、計画の認定書の写しを添付する

事業承継等に係る不動産取得税の特例｜中小企業庁

押さえたいのは順序です。計画の認定を受けてから事業の譲受を行う必要があり、譲渡が済んでから申請しても適用されません。 買い手候補が制度を知らなければ機会を逃すため、交渉の初期に情報として共有します。

売り手が押さえる不動産移転の5つの注意点

制度を把握したら、実務の落とし穴に備えます。注意点は以下の5つです。

• 抵当権が付いた不動産は金融機関の同意なしに移転できない
• 借地や賃借物件は賃貸人の承諾が要る
• 登記識別情報を紛失していると手続きに時間がかかる
• 固定資産税は譲渡日を基準に精算する
• 土地と建物の対価は分けて契約書に記載する

それぞれを順に解説します。

抵当権が付いた不動産は金融機関の同意なしに移転できない

担保が付いた不動産は、金融機関との調整が前提です。 抵当権が残ったままでは、買い手は購入に応じにくくなります。

進め方は次のとおりです。

• 売却予定価格と残債の額を金融機関へ提示する
• 決済代金で残債を完済し、抹消書類を受領する
• 決済と同時に抹消登記と移転登記を申請する

代金が残債に届かなければ、不足額の扱いを協議します。登記事項証明書で担保の設定状況を確認し、早い段階で金融機関へ相談します。

借地や賃借物件は賃貸人の承諾が要る

自社所有でない不動産は、承諾を取らなければ移せません。 借地権や賃借権の譲渡には、原則として賃貸人の承諾が必要になるためです（民法第612条）。

確認する項目は次のとおりです。

• 賃貸借契約に譲渡や転貸の禁止条項があるか
• 承諾料の定めがあるか
• 承諾に要する期間の見込み

承諾が得られなければ、事業の拠点を移せません。契約書を確認し、承諾が必要な物件を先に洗い出します。

登記識別情報を紛失していると手続きに時間がかかる

権利証にあたる書類がなければ、代替手続きが必要です。 登記識別情報を紛失しても再発行は受けられません。

代替となる方法は次のとおりです。

• 司法書士などによる本人確認情報の提供
• 公証人による認証
• 法務局からの事前通知による手続き

いずれも時間と費用が追加で発生します。決済日を決める前に、対象不動産の登記識別情報が手元にあるかを確認します。

固定資産税は譲渡日を基準に精算する

固定資産税は、賦課期日（1月1日）の所有者に課されます。 年の途中で譲渡しても、納税義務者は変わりません。

固定資産税｜東京都主税局

実務では、譲渡日を境に日割りで精算し、買い手負担分を代金に上乗せする方法が用いられます。起算日を1月1日とするか4月1日とするかで金額が変わるため、契約書に明記します。

土地と建物の対価は分けて契約書に記載する

土地と建物の対価は、分けて記載します。 消費税の課税区分が異なるほか、買い手側の減価償却にも影響するためです。

区分の根拠になるのは次のとおりです。

• 固定資産税評価額の比率
• 不動産鑑定士による評価
• 建物の建築価額と経過年数による計算

区分が合理的でなければ、税務調査で指摘を受けるおそれがあります。評価の根拠資料を作成し、契約書の別紙として添付します。

不動産を譲渡対象に含めるかは手取りと税負担で判断する

不動産を含めるかどうかは、選択の余地があります。判断の軸は以下の3つです。

• 不動産を売り手に残して買い手に賃貸する方法がある
• 不動産の比重が大きい事業は株式譲渡や会社分割で税負担が変わる
• 手法の選択は売り手専属のFAに相談して比較する

それぞれを順に解説します。

不動産を売り手に残して買い手に賃貸する方法がある

不動産を譲渡対象から外す選択もあります。 売り手が所有を続け、買い手へ賃貸する形です。

売り手側の利点は次のとおりです。

• 移転登記が不要で、登録免許税と司法書士報酬が生じない
• 賃料収入が継続的に入る
• 将来の売却や活用の余地が残る

一方で、買い手候補は賃料負担と契約更新のリスクを抱えます。賃貸を提案する場合は、賃料と期間の条件を早い段階で示します。

不動産の比重が大きい事業は株式譲渡や会社分割で税負担が変わる

手法が変われば、不動産の扱いも変わります。 株式譲渡では会社の名義のままで、移転登記も不動産取得税も生じません。

手法ごとの違いは次のとおりです。

項目	事業譲渡	株式譲渡
不動産の名義	買い手へ移転	会社のまま
登録免許税・不動産取得税	発生する	生じない
建物の消費税	課税される	生じない
対価の受取人	会社	株主

含み益のある不動産を持つ会社ほど、手法による差は大きくなります。固定資産税評価額と簿価を並べます。

不動産を切り離す方法と課税の違い、会社分割との比較については、下記で詳しく解説しています。

M&Aで不動産を切り離すと税金はどうなる？3つの方法と課税の注意点を解説

会社分割と事業譲渡の違いとは？一部事業を売る売り手の5つの判断軸を解説

手法の選択は売り手専属のFAに相談して比較する

最終的な判断は、手取りの比較で決めます。 事業譲渡では対価が会社に入り、株主が受け取るには別の手続きが要ります。

比較に含める項目は次のとおりです。

• 移転コスト（登録免許税、不動産取得税、司法書士報酬）
• 消費税の負担と納付
• 譲渡益に対する課税の区分
• 対価が株主に届くまでの課税

売り手のみと契約するFAへ、手法ごとの試算を依頼します。

会社売却にかかる税金と手取りの考え方、売り手専属のFAの役割については、下記で解説しています。

会社売却後にかかる税金は？計算方法や確定申告、税引後手取りを増やす対策を解説

M&AにおけるセルサイドFAとは？業務内容や仲介との違いも解説

手法を選ぶ際の注意点は、資料でも確認できます。

【無料資料】超大手企業も頼るM&Aのプロが厳選した注意点

事業譲渡の不動産移転に関するよくある質問

事業譲渡の不動産移転について、相談の現場で多く寄せられる質問を3つ取り上げます。事業移管との違い、不動産以外に名義変更が必要な資産、登記を自分で申請できるかの3点です。

事業譲渡と事業移管は何が違いますか？

事業譲渡は会社法上の手続きを伴う取引で、事業移管は実務上の呼称です。事業譲渡では対価の授受と権利義務の移転を伴い、株主総会の特別決議が必要になる場合があります。呼称にかかわらず、実態が事業の譲渡であれば法律上の手続きが求められます。

不動産のほかに名義変更が必要な資産は何ですか？

車両、機械のリース契約、特許権や商標権、電話番号、許認可などが該当します。事業譲渡は個別に移転する手法のため、対象ごとに手続きが必要です。名義変更の要否を一覧化し、所管する窓口と必要書類を書き出します。

所有権移転登記を司法書士に依頼せず自分で申請できますか？

申請自体は可能です。ただし事業譲渡に伴う登記では、決済の立会いや抵当権抹消の同時申請など判断を要する場面が多くなります。書類に不備があれば補正が必要となり、決済日に登記できない事態も起こります。実務では司法書士へ依頼するのが原則です。

まとめ

事業譲渡で不動産を移すには、一件ずつ所有権移転登記を申請します。登録免許税や不動産取得税、建物の消費税が発生し、株式譲渡にはないコストが積み上がります。

要点は以下のとおりです。

• 所有権は契約で定めた効力発生日に移り、登記がなければ第三者に対抗できない
• 決済と登記申請は同日に組み、司法書士が代理で申請する
• 経営力向上計画の認定は、事業の譲受より前に受ける必要がある
• 抵当権、借地の承諾、登記識別情報の3点は早期に確認する
• 不動産を残して賃貸する方法や、株式譲渡との比較も選択肢になる

不動産の比重が大きい会社ほど、手法の選択で手取りは変わります。契約条件を固める前に、移転コストを含めた試算を並べて検討してください。

手法の選び方と売却の進め方は、こちらの資料でも確認できます。

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