休眠と廃業の違いとは？費用・手続き・3つの判断基準をわかりやすく解説

事業を止めたいものの、会社まで畳んでよいのか決めきれない経営者は少なくありません。休眠と廃業のどちらを選ぶかは、費用の差だけで決められる問題ではありません。

休眠は会社を残す選択、廃業は会社を消す選択であり、後から変更できる余地がまったく違うためです。

本記事では、休眠と廃業の違いを一覧で整理します。あわせて休眠のメリットとデメリット、12年間登記がない会社が解散したものとみなされる制度、手続きと費用を解説します。読み終えた時点で、自社が3つの判断基準のどこに当てはまるかを見極められる状態を目指します。

オーナーズ株式会社では、売り手に特化したFA（ファイナンシャル・アドバイザー）サービスを展開しています。専属のエージェントがお客様の理想の取引実現に向けて、お客様のご希望に即したサービスをとことん提供いたします。よりよい評価額での売却に向けたアドバイスを受けられるだけでなく、余計な仲介手数料を削減した案件成約も実現可能です。

また、具体的な買いニーズを持っている企業のほか、業界・買い手企業分析に基づき事業親和性の高い企業を買い手候補としてご提案します。大手金融機関や大手M&A仲介、M&Aマッチングサービスとも連携しているため、買い手探索のルートが豊富です。

まずは一度、弊社の無料相談サービスをご利用ください。

休眠と廃業の違い

休眠と廃業の違いは、法人格が残るかどうかに集約されます。休眠は事業活動を止めるだけで会社は存続し、廃業は解散と清算を経て法人格を消滅させます。休眠には法律上の定義がなく、税務署や自治体へ休止を届け出た実務上の状態を指す言葉です。

主な違いは以下のとおりです。

比較項目	休眠	廃業（解散・清算）
法人格	存続する	清算結了により消滅する
登記	不要（役員変更等の義務は継続）	解散登記・清算結了登記が必要
事業の再開	届出により可能	不可能（新設が必要）
許認可	維持できる場合がある	失効する
税務申告	義務が続く	清算結了まで必要
法人住民税の均等割	課税される場合がある	清算結了後は生じない
費用	届出中心で少額	登記費用・官報公告費用などが発生
会社の売却	検討の余地が残る	できない

判断を分ける軸は「戻る可能性を残すか」です。休眠は判断を先送りできる代わりに申告義務と登記義務が続き、廃業は区切りをつけられる代わりに後から取り消せません。まずは履歴事項全部証明書を取得し、最後の登記日と役員の任期満了日を確認します。

なお、廃業は倒産とも異なります。両者の区別は以下の記事で解説しています。

廃業と倒産の違いとは？解散・破産・休業との比較と経営者が取るべき選択肢を解説

会社を休眠させるメリット

法人格が残る特性から、休眠には廃業にない利点が生まれます。主なメリットは以下の5つです。

• 廃業と比べて費用と手間がかからない
• 事業をいつでも再開できる
• 許認可を維持したまま事業を止められる
• 休眠中は法人税や消費税の負担が生じにくい
• 会社の商号や実績を残せる

それぞれを順に解説します。

廃業と比べて費用と手間がかからない

会社を休眠させるメリットの筆頭は、着手のハードルの低さです。廃業は解散登記と清算結了登記を要し、債権者保護のための官報公告も必要になりますが、休眠は税務署と自治体への届出が中心となるためです。

手続きの重さを比べると次のようになります。

• 休眠：異動届出書の提出、社会保険や労働保険の資格喪失手続きの確認
• 廃業：解散決議と清算人の選任、解散登記、官報公告、財産の換価と債務の弁済、清算結了登記

清算には債権者保護の期間が必要となるため、完了まで数か月を要します。月次試算表で資産と負債を確認し、清算に耐える手元資金があるかを休眠との比較材料に加えます。

事業をいつでも再開できる

会社を休眠させるメリットの2つ目は、再開の自由度です。法人格が存続しているため、事業を再び始める際に会社を設立し直す必要がありません。

再開時に引き継げるものは次のとおりです。

• 商号と法人番号
• 設立からの業歴
• 既存の取引口座（金融機関の運用によります）
• 繰越欠損金（青色申告の承認が継続している場合）

体調の回復や後継者の意向確定を待ちたい局面では、休眠が時間を買う手段になります。青色申告の承認を維持するため、毎期の確定申告を継続する体制を顧問税理士と取り決めます。

許認可を維持したまま事業を止められる

会社を休眠させるメリットの3つ目は、許認可の維持です。廃業して法人格が消滅すれば許認可も失効しますが、休眠であれば会社が存続するため、更新要件を満たす限り効力が続く場合があります。

許認可の再取得には、要件審査や専任者の配置、実務経験の証明といった負担が伴います。取得に年単位の準備を要する業種ほど、維持できる意味は大きくなります。

ただし、専任技術者の常勤を求める許認可は、休眠中に要件を欠けば維持できません。更新期限と人的要件を表に書き出し、所管官庁へ休止中の取扱いを確認します。

休眠中は法人税や消費税の負担が生じにくい

会社を休眠させるメリットの4つ目は、税負担の軽さです。法人税は所得に対して課され、消費税は課税売上に対応して計算されるため、事業活動が止まっていれば納付額が生じにくくなります。

一方で、法人住民税の均等割は所得の有無にかかわらず課される税です。東京都主税局は、都内に事務所または事業所のある法人に均等割が課される旨を示しています。

※参考：東京都主税局「法人事業税・法人都民税｜仕事と税金」（地方税法第24条、第25条、第294条、第296条）

休眠中の均等割の取扱いは自治体の条例と運用によって異なります。所轄の都道府県税事務所と市区町村へ、休止した場合の扱いを事前に確認します。

会社の商号や実績を残せる

会社を休眠させるメリットの5つ目は、無形の資産を残せる点です。商号や業歴、許認可の取得歴といった記録は、会社が存続している限り登記簿と帳簿に残ります。

残せる資産は、後継者が現れた場合や第三者へ売却する場合に評価の対象となります。長年培った技術やノウハウ、地域内の知名度も同様です。

ただし、止めている期間が長くなるほど実績は過去のものになります。直近の決算書と取引先一覧を保管し、休眠前の到達点を記録として残します。

会社を休眠させるデメリット

会社が残るという特性は、裏返せば負担にもなります。主なデメリットは以下の4つです。

• 休眠中も税務申告の義務が続く
• 法人住民税の均等割が発生する場合がある
• 役員変更などの登記義務は止まらない
• 休眠が長引くほど会社の価値が下がりやすい

それぞれを順に解説します。

休眠中も税務申告の義務が続く

会社を休眠させるデメリットの筆頭は、申告義務が消えない点です。法人格が存続する限り納税義務者であり続けるため、事業活動がなくても各事業年度の確定申告が求められます。

申告を怠った場合の影響は次のとおりです。

• 青色申告の承認が取り消され、繰越欠損金を使えなくなる場合がある
• 無申告加算税や延滞税の対象となる場合がある
• 再開時に過年度分の申告処理が必要になる

顧問税理士への報酬も、休眠中の申告分は発生し続けます。申告代行の年間費用を税理士へ見積依頼し、休眠を続ける年数を掛けた総額を廃業費用と比較します。

法人住民税の均等割が発生する場合がある

会社を休眠させるデメリットの2つ目は、均等割の負担です。均等割は所得の有無にかかわらず課される税であり、赤字でも黒字でも金額が変わりません。

東京都の場合、均等割の税率は資本金等の額と従業者数の区分によって決まります。休眠して事業活動の実体がなくなった場合の取扱いは自治体ごとに異なり、届出と審査を経て免除される運用がある一方、課税が続く自治体もあります。

※参考：東京都主税局「法人事業税・法人都民税｜仕事と税金」均等割

均等割は毎年発生するため、年数が延びるほど総額は積み上がります。所轄の都道府県税事務所へ休止中の取扱いを問い合わせ、年間の負担額を確定させます。

役員変更などの登記義務は止まらない

会社を休眠させるデメリットの3つ目は、登記義務が継続する点です。法務省は、設立時に登記した事項に変更が生じたときは2週間以内に変更の登記をしなければならないとしています。登記を怠った代表者等は、裁判所から100万円以下の過料に処される可能性があります。

※参考：法務省「休眠会社・休眠一般法人の整理作業について」会社等の変更の登記義務について（会社法第915条第1項、第976条第1号）

役員の任期が満了すれば、事業を止めていても重任の登記が必要です。定款で任期を確認し、次の満了日を手帳に記入して期限管理を続けます。

休眠が長引くほど会社の価値が下がりやすい

会社を休眠させるデメリットの4つ目は、事業価値の目減りです。事業を止めている間に、顧客は代替先へ移り、従業員は離職し、設備は陳腐化します。

価値が下がる経路は次のとおりです。

• 主要顧客との取引が他社へ移る
• 有資格者や熟練工が退職し、許認可の人的要件を満たせなくなる
• 設備の稼働が止まり、再稼働に修繕費が必要になる

売却の可能性を残したいのであれば、休眠に入る前が有利な条件を提示しやすい局面です。休眠を決める前に企業価値の概算を把握し、売却と休眠を同じ土俵で比較します。

企業価値評価（バリュエーション）を算出する方法は？重要性や価値を高めるポイントも紹介

12年間登記がないとみなし解散になる制度

休眠を続ける場合に把握しておくべき制度が、みなし解散です。法務省によると、休眠会社とは最後の登記から12年を経過している株式会社を指し、特例有限会社は含まれません（会社法第472条）。

全国の法務局では毎年10月頃に法務大臣による官報公告が行われ、対象会社へ登記所から通知書が届きます。公告から2か月以内に役員変更等の登記または「まだ事業を廃止していない」旨の届出がされないときは、事業を継続していてもみなし解散の登記がされます。

制度の要点は以下のとおりです。

項目	内容
対象	最後の登記から12年を経過した株式会社
公告	毎年1回、法務大臣が官報で公告
猶予	公告から2か月以内に登記または届出
効果	期間満了時に解散とみなされる
復活	登記後3年以内に限り継続が可能

みなし解散の登記後でも、3年以内であれば株主総会の特別決議で会社を継続できます。決議から2週間以内に継続の登記が必要です。なお、「まだ事業を廃止していない」旨の届出をしても、必要な登記申請を行わない限り翌年も整理作業の対象となります。

※参考：法務省「休眠会社・休眠一般法人の整理作業について」休眠会社・休眠一般法人とは／みなし解散の登記について

登記事項証明書で最後の登記日を確認し、12年の起算点を把握します。

会社を休眠させる手続き

みなし解散のリスクを踏まえたうえで休眠を選ぶ場合、進める手続きは3段階に分かれます。法務局への登記ではなく、税務と社会保険の届出が中心となる点が廃業との違いです。

1. 株主総会などで事業停止の意思決定を行う
2. 税務署と自治体に異動届出書を提出する
3. 社会保険や労働保険の資格喪失手続きを確認する

それぞれを順に解説します。

株主総会などで事業停止の意思決定を行う

会社を休眠させる手続きは、社内の意思決定から始まります。事業の停止は取引先や従業員に影響するため、株主や役員の合意を書面で残しておく必要があるためです。

決めておく事項は次のとおりです。

• 事業を停止する日
• 従業員の退職または休業の扱い
• 事務所や設備の解約と処分
• 休眠中の連絡先と帳簿の保管場所

議事録に停止日を明記し、届出書に記載する日付と一致させます。

税務署と自治体に異動届出書を提出する

会社を休眠させる手続きの中心が、異動届出書の提出です。国税庁は、事業年度等の変更や納税地の異動、法人の解散・清算結了などをした場合の手続として異動届出書を案内しています。

※参考：国税庁「C1-8 異動事項に関する届出」

提出先は所轄の税務署に加えて、都道府県税事務所と市区町村です。届出書には休業する旨と休業開始日を記載します。給与の支払いを止める場合は、給与支払事務所等の廃止に関する届出の要否も併せて確認します。

税務署と自治体で様式や記載方法が異なる場合があるため、提出前に各窓口へ必要書類を確認します。均等割の取扱いについても、届出の際に併せて相談します。

社会保険や労働保険の資格喪失手続きを確認する

会社を休眠させる手続きの最後は、社会保険と労働保険の整理です。従業員がいなくなり役員報酬も支払わない状態になると、適用事業所に該当しなくなる場合があるためです。

確認する窓口と主な内容は次のとおりです。

• 年金事務所：健康保険・厚生年金保険の適用事業所全喪の要否
• ハローワーク：雇用保険の適用事業所廃止の要否
• 労働基準監督署：労働保険の確定精算の要否

役員報酬をゼロにする場合は、改定の時期と手続きも論点です。従業員の最終出勤日を確定させ、各窓口へ提出期限を確認して提出日を決めます。

廃業の手続きと費用

再開の見込みがない場合は、廃業を選ぶ判断になります。廃業は解散と清算の2段階で進み、株主総会の解散決議から始まります。

進行の流れは次のとおりです。

1. 株主総会で解散を決議し、清算人を選任する
2. 解散および清算人の登記を行う
3. 官報に公告して債権者に申出を促す
4. 財産を換価し、債務を弁済して残余財産を分配する
5. 清算結了の登記を行う
6. 税務署・都道府県税事務所・市区町村へ異動届出書を提出する

費用面では、登記に伴う登録免許税と官報公告の掲載料が実費として発生します。司法書士や税理士へ依頼する場合は報酬が加わります。解散から清算結了までの各事業年度で確定申告も必要です。

※参考：国税庁「C1-8 異動事項に関する届出」（法人の解散・清算結了に係る届出）

債権者保護の期間が必要なため、完了まで数か月を要します。司法書士へ登記費用と公告費用の見積を依頼し、税理士へ清算に伴う申告報酬を確認して総額を試算します。手続きの詳細と費用の内訳は、以下の記事で解説しています。

会社の廃業手続きと必要な費用は？手続きの全体像や廃業を検討すべきケースを紹介

休眠と廃業を選ぶ判断基準

費用と手続きを把握したら、自社がどちらに当てはまるかを判断します。判断基準は以下の3つです。

• 再開の見込みがあるなら休眠が選択肢になる
• 再開も承継もしないなら廃業で区切りをつける
• 会社に価値が残っているなら売却を検討する余地がある

それぞれを順に解説します。

再開の見込みがあるなら休眠が選択肢になる

休眠と廃業を選ぶ判断基準の第一は、再開の可能性です。再び事業を始める見込みがあるなら、法人格を残す休眠に合理性があります。

再開の見込みが「ある」と言えるのは、次のような場合です。

• 経営者の体調回復や介護の終了など、時期の見通しが立っている
• 後継者候補が修業中で、数年後の合流が想定される
• 市況の回復を待って再稼働する計画がある

見通しの立たない先送りは、均等割と申告報酬を払い続ける結果になります。再開の判断期限を年月で設定し、期限までに再開しない場合は廃業か売却へ移る方針を、家族と共有します。

再開も承継もしないなら廃業で区切りをつける

休眠と廃業を選ぶ判断基準の第二は、承継の可能性の有無です。再開の予定も後継者もいない状態で休眠を続けると、費用だけが積み上がります。

廃業へ踏み切る目安は次のとおりです。

• 事業を再開する具体的な計画がない
• 親族内にも社内にも後継者候補がいない
• 保有資産で債務を弁済し、清算費用も賄える

判断が遅れるほど清算に充てられる資金は減ります。中小M&Aガイドラインも、判断が遅れた結果として廃業費用すら捻出できない状況に陥るケースがあると指摘しています。

※参考：中小企業庁「中小M&Aガイドライン（第3版）」第1章Ⅰ4（1）早期判断の重要性

貸借対照表から資産の換価見込額と負債総額を抜き出し、清算費用を差し引いた手取り額を試算します。

会社に価値が残っているなら売却を検討する余地がある

休眠と廃業を選ぶ判断基準の第三は、会社に残っている価値です。後継者がいないという理由だけで休眠や廃業を選ぶ前に、第三者が評価する要素があるかを確かめる価値があります。

中小M&Aガイドラインは、譲り渡し側経営者が気付いていなかった事業の価値を譲り受け側が高く評価し、成約に至るケースもあると述べています。評価の対象は収支や事業規模に限られません。技術力や優良な取引先との商流、従業員、地域内の知名度、業歴、許認可などが挙げられています。

※参考：中小企業庁「中小M&Aガイドライン（第3版）」第1章Ⅰ3（3）譲り受け側から見た、譲り渡し側の事業の魅力

同ガイドラインは、赤字や債務超過であっても成約した事例を挙げています。自社の許認可・技術・取引先・従業員数を書き出し、評価されうる要素の棚卸しから始めます。

廃業や休眠の前に会社売却という選択肢がある

会社に価値が残っているなら、売却は休眠や廃業より有利な結果をもたらす場合があります。理由は3つあります。

第一に、売却なら対価を得られるうえ、従業員の雇用と取引先との関係を引き継げる可能性があります。廃業では雇用も取引も終わり、清算費用が手元資金を削ります。

廃業とM&Aの違いを徹底解説！メリットや税金、向いているケースも紹介

第二に、金融機関との交渉により、経営者の連帯保証を解除できる場合があります。中小M&Aガイドラインは、経営者保証の解除または譲り受け側への移行を、最終契約で買い手の義務として明確に位置付けることを検討すべきだとしています。

※参考：中小企業庁「中小M&Aガイドライン（第3版）」第1章Ⅱ3（8）①譲り渡し側の経営者保証の扱い

M&Aにおける経営者保証とは？解除方法やガイドライン、トラブル対策も解説

第三に、休眠期間が長引くほど事業の価値は下がります。迷っている段階でこそ、売却の可能性を確かめる意味があります。

判断材料をそろえるために、まず自社の評価額の目安を把握してください。以下のシミュレーターで概算を試算できます。

【株価算定シミュレーターのバナー／ショートコードをここに設置】

休眠と廃業でよくある質問

休眠と廃業について、相談の現場で多く寄せられる質問を3つ取り上げます。休眠後に事業を復活できるか、借入金が残っていても休眠できるか、休眠中の会社を売却できるかの3点です。

休眠した会社は後から復活できますか？

再開できます。税務署と自治体へ事業再開の届出を行い、必要な登記を済ませれば活動を戻せます。休眠期間の長さに法律上の上限はありません。

ただし最後の登記から12年を経過して整理作業の対象となり、みなし解散の登記がされた場合は、3年以内に株主総会の特別決議で継続する手続きが必要です。継続の決議から2週間以内に継続の登記を申請します。3年を過ぎると継続はできず、清算手続へ進むほかありません。

借入金が残っている会社でも休眠できますか？

休眠自体は可能ですが、借入金は消えません。返済義務は法人に残り、経営者保証があれば保証債務も継続します。売上が止まった状態で返済を続けるには、手元資金か経営者個人の資力が必要です。

金融機関へ事業停止を伝えずに返済が滞ると、期限の利益を失い一括請求に至る場合もあります。休眠を決める前に取引金融機関へ状況を説明し、返済計画の見直しを相談する順序を踏みます。

会社を廃業すると借金はどうなる？対応方法をわかりやすく解説

休眠中の会社でも売却できますか？

売却できる場合があります。許認可や不動産、繰越欠損金、業歴といった価値が残っていれば、買い手が現れる余地はあります。

ただし事業が止まっている期間が長いほど顧客も従業員も離れ、評価される要素は減ります。休眠が数年に及ぶと、事業ではなく資産や許認可のみが評価対象となる例もあります。売却を視野に入れるなら、休眠に入る前、あるいは休眠期間が短いうちに支援機関へ相談する判断が有利に働きます。

休眠会社は売却できる？売却のメリットや流れ、相場も解説

まとめ

休眠と廃業の違いは、法人格を残すかどうかにあります。休眠は判断を先送りできる代わりに申告義務・登記義務・均等割が続き、廃業は区切りをつけられる代わりに取り消せません。そして、どちらを選ぶ前にも、売却という第三の道を検討する価値があります。

要点は以下のとおりです。

• 休眠は会社が存続し、廃業は清算結了により法人格が消滅する
• 休眠中も確定申告と登記の義務は続き、均等割が課される場合がある
• 最後の登記から12年を経過すると、みなし解散の対象となる
• 判断基準は、再開の見込み・承継の可能性・会社に残っている価値の3つ

会社に価値が残っているうちに動けば、選べる道は広がります。まずは評価額の目安をつかんだうえで、休眠・廃業・売却を同じ土俵で比較してください。

オーナーズ株式会社では、売り手に特化したFAサービスを展開しています。専属のエージェントがお客様の理想の取引実現に向けて、お客様のご希望に即したサービスをとことん提供いたします。よりよい評価額での売却に向けたアドバイスを受けられるだけでなく、余計な仲介手数料を削減した案件成約も実現可能です。

また、具体的な買いニーズを持っている企業のほか、業界・買い手企業分析に基づき事業親和性の高い企業を買い手候補としてご提案します。大手金融機関や大手M&A仲介、M&Aマッチングサービスとも連携しているため、買い手探索のルートが豊富です。

まずは一度、弊社の無料相談サービスをご利用ください。