会社清算の残余財産の分配はどう決まる？流れと税金、手取りが減る3つの注意点を解説

会社清算で株主に分配される残余財産は、債務の弁済後に残った財産です。分配の決まり方と清算結了までの流れ、みなし配当と譲渡損益に分かれる株主の税金、手取りが減る3つの注意点を示し、清算と会社売却の比較まで売り手視点で解説します。

会社を清算すると、手元にはいくら残るのか。株主として受け取る残余財産は、債務をすべて弁済した後に残った財産です。金額は清算の進め方で変わり、受け取った後の税金も一律ではありません。

本記事では、残余財産の決まり方と清算結了までの流れを会社法の定めに沿って示します。あわせて、株主にかかる税金の区分と手取りが減る3つの注意点、清算と会社売却のどちらが有利かを見極める視点を解説します。

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会社清算における残余財産とは

残余財産とは、清算手続きのなかで会社の財産を換価し、債務をすべて弁済した後に残った財産を指します。株主が受け取れるのは残った部分だけです。

会社法は、清算株式会社について、債務を弁済した後でなければ財産を株主に分配することができないと定めています。ただし、存否または額について争いのある債権に係る債務を弁済するために必要と認められる財産を留保した場合は例外とされています。

会社法（e-Gov法令検索）

残余財産の額は、帳簿上の純資産とは一致しません。資産は換価額で、負債は実際の弁済額で確定するためです。まずは貸借対照表の資産を換価見込額に置き換え、負債総額を差し引いた金額を概算します。

会社の廃業・清算の手続き全体については、下記で解説しています。

会社の廃業手続きと必要な費用は？手続きの全体像や廃業を検討すべきケースを紹介

一人会社の廃業手続きの流れは？解散・清算の流れや費用、M&Aとの違いを解説

残余財産は誰にどのように分配されるか

分配の相手と割合は、会社法と定款によって決まります。押さえる点は以下の3つです。

• 株主に持株比率に応じて分配される
• 定款や種類株式で分配の優先順位を変えられる
• 合同会社や合資会社は定款の定めか出資の価額に応じて分配される

それぞれを順に解説します。

株主に持株比率に応じて分配される

残余財産の分配は、株主の持株数に応じて行われるのが原則です。 会社法は、残余財産の分配に関する事項について、株主の有する株式の数に応じて残余財産を割り当てる内容でなければならないと定めています。

分配にあたっては、清算人の決定（清算人会設置会社では清算人会の決議）で、分配する財産の種類や割当てに関する事項を定めます。

会社法（e-Gov法令検索）

オーナーが全株式を保有していれば全額を受け取ります。株主名簿から持株比率ごとの分配見込額を試算します。

定款や種類株式で分配の優先順位を変えられる

持株比率による分配は原則であり、例外を設けることもできます。 会社法は、残余財産の分配について内容の異なる2以上の種類の株式を発行している場合、種類ごとに異なる取扱いを定められるとしています。

具体的には、ある種類の株式の株主に残余財産を割り当てない旨や、割当てについて種類ごとに異なる取扱いを行う旨を定められます。

会社法（e-Gov法令検索）

過去に発行した種類株式が残っていると、想定と異なる分配になります。定款と登記事項証明書で発行済株式の種類を確認します。

種類株式の仕組みについては、下記で解説しています。

種類株式とは？M&A・事業承継での活用法や注意点をオーナー目線で解説

合同会社や合資会社は定款の定めか出資の価額に応じて分配される

株式会社以外の会社では、分配の基準が異なります。 合同会社や合資会社などの持分会社では、まず定款の定めが優先されます。定款に残余財産の分配割合に関する定めがなければ、各社員の出資の価額に応じて分配される扱いです。株式会社のように持株数を基準とするわけではありません。

会社法（e-Gov法令検索）

持分会社では定款の記載が分配を左右します。定款を取り出し、分配に関する条項の有無を確認します。

残余財産の分配から清算結了までの流れ

分配の基準が定まれば、手続きを順に進めます。流れは以下の5段階です。

• 債権者への公告期間を経て債務をすべて弁済する
• 残余財産を確定して1か月以内に法人税の確定申告を行う
• 株主へ分配して源泉徴収した所得税を納付する
• 決算報告を株主総会で承認して清算を結了する
• 承認の日から2週間以内に清算結了の登記を申請する

それぞれを順に解説します。

債権者への公告期間を経て債務をすべて弁済する

清算手続きでは、債権者を保護する期間を設けます。 会社法は、清算株式会社が債権者に対し、一定の期間内に債権を申し出るべき旨を官報に公告し、知れている債権者には各別に催告しなければならないと定めています。期間は2か月を下ることができません。

会社法（e-Gov法令検索）

公告の掲載手配から逆算し、清算完了の時期を見積もります。

残余財産を確定して1か月以内に法人税の確定申告を行う

残余財産が確定したら、期限内に申告します。 法人税法は、残余財産が確定した場合の確定申告について、残余財産の確定の日の翌日から1か月以内に申告書を提出すべきものとしています。

法人税法（e-Gov法令検索）

通常の申告で使える提出期限の延長は想定されていません。残余財産を確定させる日を決める段階で、決算と申告の段取りまで組み立てます。

株主へ分配して源泉徴収した所得税を納付する

分配時には、会社側に源泉徴収の義務が生じる場合があります。 残余財産の分配のうち配当所得として扱われる部分について、支払う側が所得税を差し引いて納付します。

No.1330 配当金を受け取ったとき（配当所得）｜国税庁

源泉徴収の要否と税額は、分配額の内訳によって変わります。分配の実行前に、税理士へ源泉徴収額の計算を依頼します。

決算報告を株主総会で承認して清算を結了する

清算事務が終わったら、決算報告を作成します。 会社法は、清算株式会社が清算事務を終了したときに決算報告を作成し、株主総会に提出して承認を受けなければならないと定めています。

会社法（e-Gov法令検索）

承認を受けた時点で清算は結了します。株主総会の招集手続きと議事録の作成を、司法書士と分担して進めます。

承認の日から2週間以内に清算結了の登記を申請する

最後の手続きが、清算結了の登記です。 会社法は、決算報告の承認の日から2週間以内に、本店の所在地において清算結了の登記をしなければならないと定めています。

会社法（e-Gov法令検索）

期限が短いため、承認の前に必要書類をそろえておきます。司法書士へ登記申請を依頼し、承認日と申請予定日を共有します。

残余財産の分配を受けた株主にかかる税金

手続きの流れを押さえたら、次は税金です。株主が受け取る残余財産は、2つの区分に分けて課税されます。押さえる点は以下の3つです。

• 資本金等の額を超える部分はみなし配当として総合課税になる
• 資本金等の額に対応する部分は株式の譲渡損益として扱われる
• 総合課税でも配当控除で税負担が軽くなる場合がある

それぞれを順に解説します。

資本金等の額を超える部分はみなし配当として総合課税になる

残余財産のうち、出資の払戻しを超える部分は配当として扱われます。 会社法上の配当ではないものの、実態が利益の分配であるため、税務上は配当所得とみなされます。

非上場株式に係る配当所得は、原則として他の所得と合算する総合課税の対象です。所得が大きいほど税率も上がるため、譲渡所得の分離課税と比べて負担が重くなる場合があります。

No.1536 株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされる場合｜国税庁

自社の資本金等の額を法人税申告書の別表で確認し、分配見込額との差を把握します。

みなし配当の仕組みについては、下記で詳しく解説しています。

M&Aでみなし配当は発生する？課税の仕組みや手取りへの影響を売り手目線で解説

資本金等の額に対応する部分は株式の譲渡損益として扱われる

残余財産のうち、資本金等の額に対応する部分は譲渡所得等の区分です。 国税庁は、法人の株主等が解散による残余財産の分配として交付を受ける金銭の額および金銭以外の資産の価額の合計額から、みなし配当とされる金額を差し引いた金額が、株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされるとしています。

※参考：国税庁「No.1536 株式等に係る譲渡所得等の収入金額とみなされる場合－法人の合併等、自己株式の取得等の場合－」https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1536.htm

みなし譲渡収入から取得費を差し引いた額が譲渡損益です。設立時の出資額や株式を買い取った際の金額を確認し、取得費の資料をそろえます。

総合課税でも配当控除で税負担が軽くなる場合がある

みなし配当が総合課税でも、税額を軽減する仕組みがあります。 配当所得について総合課税を選択した場合、一定の方法で計算した金額を所得税額から差し引ける配当控除の制度が設けられているためです。

配当控除は、所得から差し引く所得控除と異なり、税額から直接差し引く仕組みです。ただし控除を受けるには確定申告が必要です。

No.1250 配当所得があるとき（配当控除）｜国税庁

控除額は課税総所得金額の水準によって変わります。分配額が確定する前に、控除後の税額を税理士へ試算依頼します。

残余財産の分配における3つの注意点

税務の区分を把握したら、手取りを減らす要因に目を向けます。注意点は以下の3つです。

• 債務をすべて弁済する前に分配することはできない
• 清算中の事業年度にも法人税と消費税の申告と納税が続く
• 現物で分配すると時価で評価され株主の課税と登記の手続きが生じる

それぞれを順に解説します。

債務をすべて弁済する前に分配することはできない

残余財産の分配は、債務の弁済が前提です。 会社法は、清算株式会社が債務を弁済した後でなければ財産を株主に分配できないと定めています。

会社法（e-Gov法令検索）

存否や額に争いのある債権については、弁済に必要と認められる財産を留保した場合に限り例外が認められます。係争中の債権や保証債務がないかを確認し、留保する金額を弁護士と検討します。

清算中の事業年度にも法人税と消費税の申告と納税が続く

清算に入っても、申告義務は消えません。 解散後も事業年度ごとに法人税の申告が必要で、課税事業者であれば消費税の申告と納税も続きます。

解散日の翌日から新たな事業年度が始まるため、解散した年は申告の回数が増えます。

No.6610 消費税の申告と納税｜国税庁

清算が長引くほど、申告に伴う税理士報酬も積み上がります。清算にかかる期間の見通しを立て、年間の申告費用を織り込んだ手取り額を試算します。

現物で分配すると時価で評価され株主の課税と登記の手続きが生じる

金銭以外の財産を分配する場合、手続きと課税が増えます。 会社法は、残余財産が金銭以外の財産である場合の定めを置いており、株主には金銭分配請求権が認められています。

会社法（e-Gov法令検索）

現物分配では時価で評価されるため、会社側で譲渡損益が生じ、株主側の課税額も時価を基礎に計算されます。不動産であれば所有権移転登記も必要です。現物で残る資産を洗い出し、換価してから分配する場合と比較します。

清算時の不動産の処分方法については、下記で解説しています。

会社清算で不動産を処分するには？3つの方法と流れ、税金、売却という選択肢を解説

清算で分配するか会社を売却するかを決める前に確認すること

清算を進める前に、比べておくべき選択肢があります。確認する点は以下の3つです。

• 残余財産の見込み額から株主の手取りを試算する
• 会社売却なら対価は株式の譲渡所得として申告分離課税になる
• 解散を決議する前に売り手専属のFAへ相談する

それぞれを順に解説します。

残余財産の見込み額から株主の手取りを試算する

清算と売却を比べる出発点は、手取り額の試算です。 残余財産の額に加え、課税後にいくら残るかまで計算しなければ比較になりません。

試算に含める項目は次のとおりです。

• 資産の換価見込額と負債の弁済額
• 清算にかかる登記費用、官報公告費用、専門家報酬
• 清算中の各事業年度の申告費用と納税額
• みなし配当と譲渡損益に分けた課税額

清算（廃業）と会社売却の違いについては、下記で詳しく解説しています。

廃業とM&Aの違いを徹底解説！メリットや税金、向いているケースも紹介

上記4項目を1枚の表にまとめ、手取り見込額を算出します。

会社売却なら対価は株式の譲渡所得として申告分離課税になる

会社を売却した場合、課税の区分は清算と異なります。 国税庁は、株式等の譲渡による所得について、他の所得と区分して税金を計算する申告分離課税になるとしています。

No.1463 株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）｜国税庁

清算ではみなし配当部分が総合課税となるのに対し、株式譲渡では譲渡益の全体が申告分離課税です。同じ金額でも手取りが変わるため、両方の課税額を並べて比べます。

会社売却にかかる税金と手取りについては、下記で詳しく解説しています。

会社売却後にかかる税金は？計算方法や確定申告、税引後手取りを増やす対策を解説

解散を決議する前に売り手専属のFAへ相談する

比較の前に解散を決議すると、選択肢が狭まります。 解散後は清算の目的の範囲内でしか行為ができず、事業を継続する前提の売却は難しくなるためです。

売り手のみと契約するFAは、売り手側の手取りを高める条件設計に専念できる立場にあります。清算費用を払って終えるか、対価を得て譲るかは、解散決議の前に判断します。

解散を議題とする株主総会の開催時期を決める前に、支援機関へ相談し、買い手候補の有無を確かめます。

売り手専属のFAの役割については、下記で解説しています。

M&AにおけるセルサイドFAとは？業務内容や仲介との違いも解説

売却前に押さえておきたい注意点は、資料でも確認できます。無料でダウンロードできます。

【無料資料】超大手企業も頼るM&Aのプロが厳選した注意点

会社清算と残余財産の分配に関するよくある質問

会社清算と残余財産の分配について、相談の現場で多く寄せられる質問を3つ取り上げます。清算結了後に財産が見つかった場合、所在不明株主がいる場合、債務が残る場合の3点です。

清算結了の登記をした後に残余財産が見つかったらどうなりますか？

清算は終わっていないものとして扱われます。清算結了の登記がされていても、未処理の財産が残っていれば法人格は消滅していないと解されるためです。追加の清算手続きと分配、あわせて税務申告が必要になります。清算結了の前に、休眠口座や未回収債権、名義の残る資産がないかを点検します。

所在が分からない株主がいる場合、分配はどうすればよいですか？

分配を完了できません。会社法には所在不明株主の株式を競売または売却できる制度があり、清算に入る前の株式集約が実務上の対応になります。手続きには期間と要件があるため、解散を決める前に司法書士や弁護士へ相談します。

少数株主の株式を集約する進め方は、下記で解説しています。

株式集約で少数株主の株式を買い取る進め方と3つの注意点を解説

残余財産がなく債務が残る場合はどうなりますか？

株主への分配はありません。ただし税務上は、残余財産がないと見込まれるときに期限切れ欠損金を損金算入できる制度があります。国税庁は、事業年度終了の時に債務超過の状態にあるときが該当し、実態貸借対照表によって判断するとしています。

※参考：国税庁「解散法人の残余財産がないと見込まれる場合の損金算入制度（法法59④）における「残余財産がないと見込まれるとき」の判定について」https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/hojin/34/01.htm

まとめ

残余財産とは、債務をすべて弁済した後に残った財産です。分配は持株比率に応じて行うのが原則で、受け取った株主にはみなし配当と譲渡損益の2区分で課税されます。

要点は以下のとおりです。

• 債務の弁済前に分配することはできず、係争債権があれば財産を留保する
• 残余財産の確定後、1か月以内に法人税の確定申告が必要になる
• 決算報告の承認から2週間以内に清算結了の登記を申請する
• 清算中の申告費用や現物分配の課税が、手取りを減らす要因となる
• 会社売却なら譲渡益の全体が申告分離課税となり、手取りが変わる

清算と売却のどちらが有利かは、手取り額を並べれば判断できます。解散を決議する前に、両方の試算をそろえてください。

清算か売却かを判断する際の考え方は、こちらの資料でも確認できます。

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