会社売却後にかかる税金は？計算方法や確定申告、税引後手取りを増やす対策を解説

会社を売却すると、スキームや売主の属性に応じて、株式等の譲渡所得等、法人税、消費税、配当・退職所得などの税金が問題になります。会社売却後にかかる税金は、株式を譲渡するか事業を譲渡するか、また売主が個人か法人かによって、種類や金額が変わります。中小企業M&Aでオーナー個人が株式を第三者に譲渡する場合、通常は株式等の譲渡所得等に対する申告分離課税が問題になります。

特に売り手にとっては、売却後にどれだけ税金がかかるかで、手元に残る金額が変わります。税金の仕組みを理解しておくことで、確定申告に備え、税引後の手取りを見通し、適法な範囲で手取りを高める余地を検討できます。

本記事では、会社売却後にかかる税金の種類や計算方法に加え、確定申告の流れや、税引後手取りを見通すための確認ポイントまで解説します。

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会社売却後にかかる税金とは

会社売却後にかかる税金は、株式譲渡か事業譲渡か、売主が個人か法人か、対価の受け取り方によって変わります。中小企業のM&Aで多い株式譲渡では、株式を売ったオーナー個人に、株式等の譲渡所得等への税金がかかります。一方、事業譲渡では、事業を売った会社に法人税等がかかるほか、譲渡対象資産によっては消費税も問題になります。

オーナー個人が株式を譲渡した場合、受け取った譲渡価額から、取得費と譲渡費用を差し引いた株式等の譲渡所得等に対して、税金がかかります。この譲渡所得には、ほかの所得と分けて計算する申告分離課税が適用されます。会社を清算するのではなく、第三者に株式を譲渡する場合に主に問題になる税金です。

会社売却後の税金は、個人株主の株式譲渡で申告が必要な場合、原則として譲渡した年の翌年に確定申告を行います。譲渡所得等が大きいほど税額も大きくなるため、あらかじめ税金の仕組みを理解し、手取りを見据えて準備しておくことが重要です。売り手としては、自社の売却でどの税金がかかるかを、早い段階で確認しておくことが欠かせません。

会社売却のスキーム別にかかる主な税金

会社売却後にかかる税金は、用いる手法によって、課税される人も税金の種類も変わります。代表的な手法ごとに、課税関係を理解しておくことが重要です。主な手法は以下の通りです。

• 株式譲渡でかかる税金
• 事業譲渡でかかる税金

それぞれを順に解説します。

株式譲渡でかかる税金

個人オーナーが株式を譲渡する場合、株式等の譲渡所得等に対して所得税・復興特別所得税・住民税がかかります。譲渡価額から取得費と譲渡費用を差し引いた株式等の譲渡所得等に対して、申告分離課税で税額を計算します。中小企業のM&Aで多く用いられる手法で、株式を譲渡した個人株主が申告・納税の主体になります。

売り手としては、株式譲渡では会社ではなく、株式を譲渡した個人株主に税金がかかる点を理解しておくことが重要です。受け取る対価がそのまま手元に残るわけではありません。株式譲渡の仕組みについては、以下の記事でも詳しく解説しています。

M&Aにおける株式譲渡とは？メリットや注意点、手続きの流れを解説

事業譲渡でかかる税金

事業譲渡では、事業を売った法人に法人税等がかかり、譲渡対象資産によっては消費税も問題になります。会社が受け取った譲渡対価から、譲渡対象資産の簿価や譲渡費用などを差し引いた譲渡益が、法人税等の課税対象になります。

オーナー個人が手元に資金を得るには、その後、配当、役員退職金、給与、清算分配などの形で受け取る場合があり、その受け取り方に応じて、配当所得、退職所得、給与所得、みなし配当などの税務論点が生じます。

売り手としては、事業譲渡では法人段階とオーナー個人への資金移転段階で、二段階の課税関係が生じる場合がある点を理解しておくことが重要です。株式譲渡と比べて、手元に残るまでの税負担が変わることがあります。

会社売却後の税金の計算方法

個人株主の株式譲渡にかかる税金は、株式等の譲渡所得等をもとに計算されます。計算の仕組みを知っておくと、おおよその税引後手取りを試算しやすくなります。主な論点は以下の通りです。

• 株式等の譲渡所得等の計算方法
• 適用される税率
• 取得費がわからない場合の扱い

それぞれを順に解説します。

株式等の譲渡所得等の計算方法

株式譲渡による株式等の譲渡所得等は、譲渡価額から、取得費と売却手数料等の譲渡費用を差し引いて計算します。取得費は、株式を取得するのにかかった金額で、譲渡費用には、株式売却に直接要した手数料などが含まれます。M&Aアドバイザリー費用がどこまで譲渡費用に該当するかは個別確認が必要です。これらを差し引いた残りが、課税の対象となる株式等の譲渡所得等です。

売り手としては、譲渡価額のすべてに税金がかかるわけではない点を理解しておくことが重要です。取得費や譲渡費用を正しく確認することで、課税対象額を適切に計算できます。

適用される税率

個人が株式等を譲渡した場合の譲渡所得等は、申告分離課税により、所得税・復興特別所得税15.315％と住民税5％を合わせた20.315％で課税されるのが基本です。他の所得と区分して、原則として一定税率で計算される点が特徴です。

売り手としては、譲渡所得に一定の税率がかかる点を理解しておくことが重要です。株式等の譲渡所得等のおおよそ2割が税金となるため、手取りを見積もる目安になります。株式の譲渡所得にかかる税金については、以下の記事でも詳しく解説しています。

「税引後の売却対価」はいくら？個人・法人の「株式の譲渡所得」にかかる税金

取得費がわからない場合の扱い

古くから保有している株式などで、株式等の取得費が分からない場合には、同一銘柄ごとに売却代金の5％相当額を取得費とすることも認められています。実際の取得費が売却代金の5％相当額を下回る場合にも、5％相当額を取得費とすることが認められています。概算取得費を用いると、実際の取得費を証明できる場合と比べて、取得費が小さくなり、課税対象額が大きくなることがあります。

売り手としては、取得費を示す資料が残っているかを、早めに確認しておくことが重要です。実際の取得費が売却代金の5％相当額を上回ることを資料で示せれば、税負担を抑えられる場合があります。

※参考：国税庁「No.3258 取得費が分からないとき」

個人株主の株式譲渡後の確定申告と納税

個人株主が株式譲渡で譲渡所得等を得た場合は、原則として確定申告をして納税します。いつ、何を申告するかを知っておくと、納税に向けて準備できます。主な論点は以下の通りです。

• 確定申告が必要なケース
• 申告と納税のタイミング
• 申告に必要な書類

それぞれを順に解説します。

確定申告が必要なケース

株式譲渡で株式等の譲渡所得等が生じた場合、原則として確定申告が必要です。給与所得者であっても、非上場株式等の売却で利益が出た場合には、原則として自分で申告して税金を納めます。譲渡所得等が生じているか、特例を使うか、損失申告を行うかなどによって、申告要否を確認する必要があります。

売り手としては、会社売却で利益が出た場合、確定申告が必要になる点を理解しておくことが重要です。申告漏れや納税漏れがあると、後から本税・加算税・延滞税等が問題になることがあります。

申告と納税のタイミング

譲渡所得の申告は、原則として資産を譲渡した日の属する年の翌年に行います。原則として、譲渡した年の翌年2月16日から3月15日までの間に申告します。納付期限や振替納税の扱いは年ごとに確認が必要です。

売り手としては、売却の翌年に納税の時期が来る点を理解し、資金を準備しておくことが重要です。売却代金をすべて使ってしまうと、納税資金が不足するおそれがあります。

申告に必要な書類

確定申告には、株式の譲渡に関する書類が必要です。譲渡価額が分かる株式譲渡契約書、出資時・取得時の払込資料や贈与・相続時の資料、株主名簿など取得費を示す資料、M&Aアドバイザー報酬や専門家費用の請求書・領収書など、譲渡費用該当性を確認する資料をそろえます。これらをもとに、譲渡所得を計算して申告します。

売り手としては、申告に必要な書類を、売却の段階から保管しておくことが重要です。取得費を示す資料は、創業時・増資時・相続時などにさかのぼることがあり、後から用意するのが難しいことがあるため、早めにそろえておく必要があります。

会社売却後の税引後手取りを高めるための確認ポイント

会社売却後の税金は、事前の設計や資料整理によって、適法な範囲で税引後手取りを高められる場合があります。税引後手取りを見通すために、検討できる方法を知っておくことが重要です。主な対策は以下の通りです。

• 役員退職金の活用を検討する
• 相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例を確認する
• 売却の前から税務・手取りを試算する

それぞれを順に解説します。

役員退職金の活用を検討する

会社売却に合わせて、退任するオーナー役員に役員退職金を支給する設計が検討されることがあります。退職金として受け取る部分は、退職所得として、株式の譲渡所得とは別に課税されます。退職所得は、退職所得控除や2分の1課税により税負担が抑えられる場合があります。ただし、勤続年数や支給額の相当性、法人側の損金算入可否を確認する必要があります。

売り手としては、株式譲渡対価と役員退職金の設計によって、税引後手取りが変わる場合がある点を理解しておくことが重要です。退職金を活用した手法については、以下の記事でも詳しく解説しています。

売却対価の「手取り」を増やすには？売り手オーナー経営者が知るべき「退職金を活用した譲渡手法」

相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例を確認する

相続または遺贈により取得した株式を一定期間内に譲渡する場合、取得費加算の特例を使える場合があります。一定の要件を満たすと、相続税額のうち一定金額を譲渡資産の取得費に加算でき、譲渡所得を小さくできます。相続や遺贈により財産を取得したこと、その財産を取得した人に相続税が課税されていること、相続開始日の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに譲渡していることなどの要件があります。

売り手としては、相続した株式を売却する場合、こうした特例が使える可能性がある点を理解しておくことが重要です。適用には要件があるため、国税庁の定めを踏まえ、税理士などの専門家に確認することが望ましいです。

売却の前から税務・手取りを試算する

会社売却後の税負担や手取りは、売却前のスキーム選択、取得費資料の整理、退職金設計、株主構成の整理によって変わる場合があります。手法の選び方や、退職金の活用、株式の整理などは、売却の段階で検討しておく必要があります。売却後に動こうとしても、対策が間に合わないことがあります。

売り手としては、税金の対策を、売却を決めた段階から検討することが重要です。税引後手取りを適切に見通すには、税理士、M&Aアドバイザー、必要に応じて弁護士と早めに相談することが望まれます。

実際に、当社の調査では、事業を売却した後、約7割の経営者が資産運用を始めています。税引後手取りの見通しは、売却後の生活設計や資産形成を考えるうえでも重要です。

※参考：PR TIMES「事業売却後、約7割の経営者が資産運用を実施」

まとめ

会社売却後にかかる税金は、株式譲渡か事業譲渡か、売主が個人か法人かによって変わります。中小企業M&Aで多い個人オーナーの株式譲渡では、株式等の譲渡所得等に対して、原則として20.315％の税金がかかります。申告が必要な場合、売却した年の翌年に確定申告を行うのが基本です。

特に売り手にとっては、以下のような論点を踏まえたうえで進めることが重要です。

• 株式譲渡ではオーナー個人に、株式等の譲渡所得等への税金がかかること
• 株式等の譲渡所得等は、譲渡価額から取得費と譲渡費用を差し引いて計算すること
• 売却した年の翌年に、確定申告と納税が必要になること
• 役員退職金や取得費加算など、税引後手取りに影響する論点があること

会社売却後の税金は、手法の選び方や事前の対策によって、手元に残る金額が変わります。税金の仕組みを理解し、早めに備えることで、税引後手取りを見通しやすくなります。納得のいくM&Aを実現するためには、早い段階から売り手の立場で支援できる専門家と連携し、税務を含めて手取りを見据えた準備を進めていくことが、よりよい結果につながりやすくなります。

オーナーズ株式会社では、売り手に特化したFAサービスを展開しています。専属のエージェントがお客様の理想の取引実現に向けて、お客様のご希望に即したサービスをとことん提供いたします。よりよい評価額での売却に向けたアドバイスを受けられるだけでなく、余計な仲介手数料を削減した案件成約も実現可能です。

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