【保存版】「株式譲渡」の手続きガイド──流れと必要書類を徹底解説

会社のオーナーが自社株を第三者に譲渡する際、「株式譲渡」の手続きは複雑になりがちです。特に中小企業では手続きを誤ると譲渡が無効になるケースもあるため、事前の準備と流れの理解が不可欠です。

本記事では、株式譲渡と手続きのポイントを押さえ、売り手・買い手双方に必要なステップと注意点をわかりやすく解説します。

1.株式譲渡の基本要件と登記の有無

・譲渡制限会社か無制限会社か
定款に「株式譲渡制限」がある場合は、取締役会または株主総会の承認が必要です。
・譲渡の対価
金銭だけでなく現物出資なども可能ですが、対価設定の根拠を明確にしておきましょう。
・登記の必要性
株式譲渡自体は登記不要ですが、代表者変更などの場合は登記申請が必要です。

2.株式譲渡の手続きフロー

1.譲渡条件の合意
株数・譲渡価額・支払い方法・譲渡日を調整。

2.契約書作成・締結
株式譲渡契約書に譲渡人と譲受人が署名押印。
承認が必要な会社は、取締役会や株主総会決議。

3.株主名簿の書換
旧株主→新株主への訂正後、名簿管理担当が変更を反映し通知。

4.譲渡対価の授受
金銭授受のほか、現物出資や株式スワップも検討。

5.関係者への届出
税務署、市区町村、取引金融機関などへ変更届を提出。

6.登記手続き（必要時）
代表者変更、取締役就任・退任などに伴う登記申請を行う。

3.必要書類一覧

手続き	必要書類
契約締結	株式譲渡契約書、代理締結時は委任状
定款承認	取締役会議事録または株主総会議事録
名簿書換	訂正後の株主名簿、株券（発行会社の場合）
対価授受	領収書、振込依頼書、現物出資関連書類
届出	税務署・市区町村への届出書、就任承諾書・印鑑証明書
登記申請（該当時）	登記申請書、委任状、取締役会議事録、印鑑証明書

4.手続きでよくあるトラブルと回避策

・定款承認漏れ：承認手続きなしに譲渡すると無効に。
→ 定款を事前確認し、承認フローを設計。
・名簿書換遅延：名簿更新が遅れると譲受人が権利行使できない。
→ 契約後すぐに名簿管理担当へ連絡。
・評価額乖離：評価根拠が曖昧で買い手と揉める。
→ DCF法や類似比準法の根拠資料を整備。
・書類不備：議事録や印鑑証明の書式ミスで再提出。
→ 司法書士など専門家とフォーマットを確認。

5.税務面のポイント

・譲渡益課税：譲渡価格−取得価額＝譲渡益。20.315％（所得税15.315％＋住民税5％）が課税。
・贈与税リスク：無償譲渡や過度に低い譲渡価格は贈与税対象に。
・申告タイミング：遅延は延滞税・加算税リスク。

6.よりスムーズに進めるための専門家活用

・FA（ファイナンシャル・アドバイザー）
価値評価から交渉スキーム設計まで一貫支援し、譲渡価格の向上とリスク低減を実現。
・税理士
税務計画の立案・申告サポートで、譲渡益課税や贈与税リスクを回避。
・司法書士
登記申請手続き・書類レビューで、再提出リスクを防止。

7.FA選定時の注意点──失敗しないパートナーの見極め

・実績と事例の透明性：自社と同規模・同業界での実績を具体的数値で提示できるか
・報酬体系の明確さ：着手金・中間金の有無、成功報酬率の階層構造を文書で確認
・チーム体制と専門性：財務評価、法務・税務アドバイザリー、クロージング支援まで一貫した専門チームが編成されているか
・コミュニケーション頻度：定例報告への対応や、緊急時の論点整理・意思決定を迅速に進められる体制か
・中立性と信頼感：仲介業務との兼業ではなく、売り手に100％コミットできる体制かどうか

まとめ：「株式譲渡」の手続きを成功させる秘訣

・定款承認要件を最優先で確認
・契約締結後に株主名簿書換と対価授受を迅速に実施
・税務申告と節税スキームを事前に検討
・FA・税理士・司法書士を早期にアサインし、書類チェックを徹底
・承認フローとフォーマットを整備し再提出リスクを回避

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